در دوره تصدی مرحوم حمید بهبهانی در سمت وزارت راه و ترابری وقت و پیش از ادغام این وزارتخانه با وزارت مسکن و شهرسازی که منجر به تشکیل وزارت راه و شهرسازی کنونی شد، شاخص‌های عملکرد حمل بار با وجود افزایش جمعیت ناوگان واگن باری نوسانی بوده است و سهم تُن کیلومتری ریل از کل بار حمل شده زمینی، روندی نزولی داشته است. همچنین بهره‌وری واگنهای باری در دوره وزارت ایشان در میان سال‌های بررسی شده، کمترین مقادیر را به خود اختصاص داده است. اما در بخش مسافری، عملکرد مطلوب بوده است به‌طوری‌که جابه‌جایی مسافر و بهره‌وری واگنهای مسافری به طور مستمر افزایش یافته است. در بخش نیروی کشش نیز در دوره وزارت ایشان، درصد آماده به کاری لکوموتیوها به طور متوسط 60 درصد است که با توجه به درصد آماده به کاری فعلی (حدود 52 درصد)، عدد قابل قبولی است.
در دوره وزارت علی نیکزاد ثمرین به عنوان اولین وزیر راه و شهرسازی پس از ادغام دو وزارتخانه راه و ترابری و مسکن و شهرسازی، با توجه به افزایش پیوسته تعداد واگنهای باری، مانند دوره قبل و بعد از ایشان، حمل بار داخلی افزایش یافته است ولی عملکرد حمل بار ترانزیت ریلی نزولی بوده است. سهم راه‌آهن از کل حمل بار زمینی در این دوره در حدود 10.5 درصد ثابت بوده است. در این دوره، رکورد جابه‌جایی مسافر ریلی با مقدار عملکرد 17.9 میلیارد نفر-کیلومتر به ثبت رسیده است که تاکنون این عملکرد، دیگر قابل دستیابی نبوده است و البته این در شرایطی بوده که تعداد واگنهای مسافری رشد خوبی داشته و در مجموع شاهد کاهش بهره‌وری سرانه واگنهای مسافری بوده‌ایم. در این دوره، در بخش نیروی کشش، عملکرد راه‌آهن قابل قبول نبوده است به طوری که حدود 60 لکوموتیو از چرخه خدمت خارج شده است که در نوع خود یک سقوط دردناک به حساب می‌آید. همچنین درصد آماده به کاری لکوموتیوها در دوره وزارت ایشان حدود 56 درصد است که کمتر از دوره‌های دو وزیر قبل و بعد از ایشان است.
پس از نیکزاد ثمرین، عباس آخوندی به عنوان وزیر راه و شهرسازی منصوب شد. به طور کلی بخش حمل‌ونقل ریلی در زمان وزارت ایشان، عملکرد خوبی هم در مقادیر شاخص‌های جمع عملکرد و هم در شاخص‌های بهره‌وری به ثبت رسانده است. در این دوره، شاخص‌های عملکرد حمل بار و نیروی کشش روبه رشد بوده است. در این دوره تعداد زیادی لکوموتیو بازسازی و به لکوموتیوهای آماده به کار اضافه شدند و تعداد لکوموتیوهای نو اضافه شده به شبکه نیز مطلوب بوده است. سهم حمل بار ریلی از کل حمل بار زمینی کشور در این دوره از حدود 10.5 درصد به 13.5 درصد رسید که رشد خوبی در اجرای سیاست‌های کلان کشور مبنی بر ارتقای سهم حمل‌ونقل ریلی به شمار می‌رود. متاسفانه در دوره قبل و بعد ایشان، خالص تغییرات لکوموتیوهای آماده به کار منفی بوده است. اما در بخش مسافری، روند تقریباً صعودی قبل از ایشان ادامه نیافت و عملکرد جابه‌جایی مسافر و بهره‌وری واگنهای مسافری اندکی کاهش یافت.
دوره تصدی محمد اسلامی در مسند وزارت راه و شهرسازی، در حقیقت دوره شروع افت جدی عملکرد بخش حمل‌ونقل ریلی کشور و ایجاد مشکلات بزرگ و ادامه‌دار بود. در دوره وزارت ایشان عمده وعده‌ها و همچنین اهداف تعیین شده در برنامه ششم توسعه تحقق نیافت. در این دوره، اصرار برای ادامه تصدی‌گری‌های دولتی و مشکلات مالی و بودجه‌ای منجر به کاهش تمایل به سرمایه‌گذاری در بخش ریلی و همچنین ضعف و ناتوانی شرکت راه‌آهن در تعمیر و نگهداری خطوط ریلی و لکوموتیوهای تحت مالکیت دولت شد و همچنان که در آمارها مشهود است، افت شدید آماده به کاری لکوموتیوها از دوره وزارت ایشان آغاز شد و در دوره ایشان حدود 80 دستگاه لکوموتیو از رده خارج شد که معادل حدود 15 درصد توان لکوموتیوهای فعال کشور است. درصد آماده به کاری لکوموتیوها در دوره وزارت ایشان از حدود 63 درصد به 55 درصد رسید که در حقیقت ریشه و آغازگر روند نزول شدید عملکرد راه‌آهن در 5 سال اخیر بوده است. در دوره آقای اسلامی، سهم شیوه ریلی از کل حمل بار زمینی کشور، از 13.5 درصد به 11.2 درصد کاهش یافت که بازگشت واضحی از توفیقات قبلی دولت در این شاخص بسیار مهم تلقی می‌شود. از طرفی در همین دوره شیوع بیماری کرونا منجر به کاهش شدید تعداد مسافر ریلی شد، اما همچنان که از آمارها مشخص است، در دوره همه‌گیری بیماری کرونا عملکرد حمل بار ریلی نسبت به سال‌های قبل از آن رشد قابل توجهی نداشته است.
با آغاز کار دولت سیزدهم، مرحوم رستم قاسمی به عنوان وزیر راه و شهرسازی انتخاب شد. متاسفانه در دوره وزارت ایشان انتخاب مدیرعامل شرکت راه‌آهن بر اساس معیارهای تخصصی صورت نگرفت و فردی کاملا ناآشنا با حوزه حمل‌ونقل ریلی بر کرسی مدیرعاملی شرکت راه‌آهن تکیه داد. این موضوع منجر به تسریع و تشدید خروج لکوموتیوها از آماده به کاری و کاهش بی‌سابقه حمل بار ریلی شد. پس از مرحوم رستم قاسمی، مهرداد بذرپاش به عنوان وزیر و راه‌وشهرسازی منصوب شد. در دوره وزارت ایشان تشکل‌های صنفی و علمی غیردولتی، کارشناسان متعدد دولتی و خصوصی و همچنین اساتید دانشگاهی، درخواست برکناری مدیرعامل راه‌آهن را به خاطر سقوط شاخص‌های عملکرد و بهره‌وری و رشد سوانح مطرح نمودند که متاسفانه با بی‌توجهی وزیر راه و شهرسازی مواجه شدند. خسارات و عدم‌النفع وارد شده به بخش خصوصی و دولتی حمل‌ونقل ریلی کشور در این دوره بی‌سابقه بوده است. حاصل عملکرد سه ساله دو وزیر دولت سیزدهم در بخش ریلی، کاهش شدید عملکرد حمل بار ریلی با وجود تزریق ناوگان جدید واگن و لکوموتیو به شبکه بوده است. در این دولت، سهم شیوه ریلی از کل حمل بار زمینی کشور، از 11.2 درصد به 9 درصد کاهش یافته است که نشانگر تشدید روند افت آغاز شده در دوره وزیر قبلی است. این دوره کوتاه، به‌طور خالص نزدیک به 50 دستگاه لکوموتیو بر اثر سوانح یا انواع دیگر از کار افتادگی، از خدمت‌دهی در شبکه ریلی خارج شده‌اند. این مشکلات موجب شده تا سرمایه‌گذاران خصوصی، دیگر تمایلی به فعالیت در بخش حمل‌ونقل ریلی کشور نداشته باشند و حتی برخی از آن‌ها اعلام نمودند که تصمیم به خروج کامل از این صنعت را دارند.
